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O FILE STATUS 39 ocorre quando existe alguma incompatibilidade entre as características do arquivo definidas no programa COBOL e as características reais do arquivo ou dataset utilizado durante a execução.
Em outras palavras, o programa espera encontrar um arquivo com determinada organização, tamanho ou formato de registro, mas o arquivo apresentado possui características diferentes.
Entre as causas mais comuns estão:

• LRECL diferente do tamanho definido na FD;
• Divergência entre registros fixos e variáveis;
• ORGANIZATION diferente da organização real do arquivo;
• Definição incorreta da chave de um arquivo indexado;
• Uso de arquivo criado com características diferentes das esperadas;
• DDNAME do JCL associado ao arquivo errado;
• Diferença entre a definição do arquivo no programa e no catálogo;
• Alteração do copybook sem recriação ou ajuste do arquivo.

Exemplo de definição com FILE STATUS:

       SELECT ARQUIVO-CLIENTES
           ASSIGN TO CLIENTES
           ORGANIZATION IS SEQUENTIAL
           FILE STATUS IS WS-FILE-STATUS.

Na FILE SECTION:

       FD  ARQUIVO-CLIENTES
           RECORDING MODE IS F.

       01  REGISTRO-CLIENTE.
           05 CLIENTE-CODIGO       PIC 9(06).
           05 CLIENTE-NOME         PIC X(40).
           05 CLIENTE-CIDADE       PIC X(30).

Nesse exemplo, o registro possui 76 posições. Portanto, o arquivo utilizado precisa ser compatível com essa definição.
O tratamento do status pode ser feito da seguinte forma:

       OPEN INPUT ARQUIVO-CLIENTES

       IF WS-FILE-STATUS NOT = "00"
           DISPLAY "ERRO NA ABERTURA DO ARQUIVO"
           DISPLAY "FILE STATUS: " WS-FILE-STATUS
           STOP RUN
       END-IF

Para investigar o FILE STATUS 39, verifique:

1. O tamanho total do registro definido na FD;
2. O LRECL e o RECFM do dataset;
3. A cláusula ORGANIZATION;
4. A definição da chave, caso o arquivo seja indexado;
5. O DDNAME utilizado pelo programa;
6. Se o arquivo foi recriado depois de alguma alteração no layout;
7. Se programa, copybook e arquivo estão utilizando a mesma versão do layout.

Em ambientes mainframe, também é importante consultar as mensagens do job no spool. Muitas vezes, a mensagem complementar apresenta detalhes que não aparecem somente no FILE STATUS.
Você já encontrou o FILE STATUS 39 em algum programa COBOL? Qual era a incompatibilidade e como resolveu?